En el entorno empresarial colombiano, la correcta liquidación de incapacidades médicas suele asumirse como un proceso operativo estándar. Sin embargo, cuando se trata de trabajadores con salario variable (particularmente aquellos que perciben comisiones), este proceso puede convertirse en una fuente relevante de contingencias económicas y riesgos de cumplimiento.
A pesar de la aparente claridad normativa, en la práctica persiste una brecha entre lo que legalmente corresponde pagar y lo que efectivamente reconocen las Entidades Promotoras de Salud (EPS). Esta diferencia, que en muchos casos pasa desapercibida, puede impactar directamente los costos laborales de las compañías.
El punto de partida: la regla legal
El Código Sustantivo del Trabajo establece que, cuando el trabajador devenga salario variable, el auxilio económico por incapacidad debe liquidarse con base en el promedio del salario devengado durante los últimos doce (12) meses anteriores al inicio de la incapacidad, o por el tiempo efectivamente laborado si este es inferior.
Esta disposición busca reflejar de manera más precisa la realidad económica del trabajador, evitando distorsiones derivadas de fluctuaciones mensuales propias de esquemas de compensación variable.
Desde una perspectiva jurídica, esta es la regla que debe aplicar el empleador al momento de reconocer la prestación económica al trabajador.
La realidad operativa: el criterio de las EPS
No obstante lo anterior, en la práctica las EPS suelen reconocer las incapacidades con base en el último Ingreso Base de Cotización (IBC) reportado en la Planilla Integrada de Liquidación de Aportes (PILA), sin realizar un promedio de los ingresos, incluso cuando el trabajador presenta variabilidad salarial.
Este criterio operativo genera una situación particular, pues la base de reconocimiento de la EPS no necesariamente coincide con la base legal que debe utilizar el empleador.
En consecuencia, se configura una brecha entre el valor pagado al trabajador y el valor reconocido por la EPS.
El impacto para las compañías
Esta diferencia tiene implicaciones directas en la gestión financiera de las organizaciones. En términos generales, se presenta el siguiente escenario:
- El empleador liquida y paga la incapacidad con base en el promedio de los últimos 12 meses (conforme a la norma laboral).
- La EPS reconoce y reembolsa la prestación con base en el último IBC reportado.
Cuando el ingreso del último mes es inferior al promedio, la empresa asume un mayor costo que no es recuperado. Por el contrario, si el último IBC es superior al promedio, pueden generarse inconsistencias o ajustes en los procesos de reconocimiento.
En ambos casos, la ausencia de control y trazabilidad sobre estas diferencias puede derivar en sobrecostos acumulados que no son fácilmente identificables en la operación diaria.
La causa raíz: el reporte en la PILA
Contrario a lo que podría pensarse, el origen de esta problemática no radica exclusivamente en la interpretación normativa, sino en la forma en que se reporta la información en la PILA.
Cuando la empresa reporta el IBC mensual incluyendo salario básico y comisiones, pero no registra adecuadamente la naturaleza variable de dichos ingresos, el sistema interpreta que se trata de un salario fijo. Bajo esta lógica, la EPS toma el último IBC como referencia definitiva para el reconocimiento de la prestación.
Para estos casos, la regulación operativa contempla la posibilidad de reportar la novedad de Variación Transitoria de Salario (VST).
Esta novedad permite indicar que el ingreso del trabajador presenta fluctuaciones mensuales y que dichas variaciones no corresponden a modificaciones permanentes del salario básico. En otras palabras, es el mecanismo que traduce la realidad salarial del trabajador al lenguaje del sistema de seguridad social.
La omisión en el uso de esta novedad constituye, en la práctica, uno de los errores más frecuentes en la gestión de nómina.
Un elemento adicional de control: Decreto 2126 de 2023
A esta situación se suma un elemento normativo reciente que refuerza el control sobre la base de cotización.
El Decreto 2126 de 2023 establece que, cuando el IBC reportado presenta un incremento superior al 40% frente al promedio de los últimos doce (12) meses, las entidades del sistema podrán ajustar la base para efectos del reconocimiento de prestaciones económicas.
Esta disposición busca evitar distorsiones derivadas de incrementos atípicos en los ingresos, particularmente en períodos cercanos a la ocurrencia de incapacidades o licencias.
En la práctica, esto implica que incluso cuando el IBC haya sido correctamente reportado, la EPS puede limitar el valor reconocido si identifica variaciones que no se ajustan al comportamiento histórico del ingreso.
Más allá del cumplimiento: una gestión estratégica de la nómina
El análisis de esta problemática permite evidenciar que la gestión de incapacidades en trabajadores con salario variable no es un asunto meramente operativo, sino un componente estratégico de la administración de la nómina.
Una inadecuada gestión puede traducirse en:
- Sobrecostos laborales no identificados
- Diferencias no recuperadas frente a las EPS
- Riesgos en procesos de fiscalización por parte de la UGPP
- Inconsistencias en la información reportada al sistema de seguridad social
Por el contrario, una gestión adecuada permite no solo mitigar riesgos, sino también optimizar el flujo de recursos asociados a prestaciones económicas.
Conclusión
En trabajadores con salario variable, la diferencia entre lo que la empresa paga y lo que la EPS reconoce no depende únicamente de la norma aplicable, sino de la forma en que se gestiona y reporta la información.
El punto crítico no está en el cálculo del salario, sino en la correcta estructuración del IBC y el uso adecuado de las novedades en la PILA, particularmente la Variación Transitoria de Salario (VST).
Una invitación a revisar lo que no se ve
En nuestra experiencia, un número significativo de compañías presenta oportunidades de mejora en la gestión de su nómina y, especialmente, en el manejo de prestaciones económicas como incapacidades y licencias.
Estas situaciones, aunque silenciosas, pueden representar impactos económicos relevantes en el mediano y largo plazo.
Por ello, resulta recomendable realizar auditorías especializadas en nómina y seguridad social, que permitan:
- Verificar la correcta aplicación de la normativa laboral
- Validar la consistencia en el reporte de información en PILA
- Identificar diferencias entre valores pagados y reconocidos
- Detectar oportunidades de recuperación de recursos
- Fortalecer los controles frente a riesgos de fiscalización
En un entorno regulatorio cada vez más exigente, anticiparse a estas contingencias no solo es una buena práctica, sino una decisión estratégica.

En Russell Bedford Colombia brindamos acompañamiento a las organizaciones en la revisión integral de sus procesos de nómina y seguridad social, aportando una visión técnica y preventiva que permite transformar riesgos operativos en oportunidades de optimización.


















